综合管理办公室：负责招标管理、合同管理、建设计划、投资计划、法律事务、文件档案和工程档案管理、信息管理、人事工作以及日常行政管理等工作，负责相关数据收集、记录、积累和分析。

规划技术办公室：负责修编校园规划，编制基建规划；负责项目开工前报批和设计管理；参与基建项目开工后变更签证审定；参与大修规划制定和技术管理；参与相关招标和合同谈判、签订工作。

工程管理办公室：负责基建项目施工阶段管理和竣工手续；协调和督促相关部门做好前期资料的整理与归档等；负责基建项目竣工结算的审价、审计工作；参与相关招标和合同谈判、签订工作。

修缮管理办公室：负责编制修缮规划；负责日常修缮（一万元以上）管理和大型修缮项目管理；负责修缮项目竣工结算的审价、审计工作；参与相关招标和合同谈判、签订工作。

张江基建办公室：2019年11月设立，待张江复旦国际创新中心规划与建设任务完成后撤销。负责张江复旦国际创新中心建设相关工作。